Фамилия Кизкина — женская форма, а её мужской вариант — Кизкин. В русской традиции фамилии на -ин обычно образуются от основ, оканчивающихся на -а или -я, и здесь как раз такой случай: в основе лежит прозвище или имя Кизка. Оно, в свою очередь, — уменьшительная форма от Кизя. А вот с корнем «киз-» начинается самое интересное, потому что он неоднозначен и даёт сразу несколько версий происхождения.

Самая вероятная версия связывает фамилию с тюркскими языками. В тюркских наречиях слово «киз» означает «девочка», «девушка» или «дочь». Прозвище Кизя или Кизка могли дать единственной дочери в семье, младшей сестре или, наоборот, человеку, который воспитывался в окружении женщин. Такие прозвища были распространены в смешанных русско-тюркских регионах — в Поволжье, на Урале, в Сибири, где фамилия Кизкин и встречается чаще всего. В этом случае фамилия указывает не на профессию, а на семейное положение или особенность родства.

Есть и другая, менее очевидная версия — от диалектного глагола «кизкать» или «кизить», который в некоторых русских говорах означал «пищать», «визжать» или «капризничать». Тогда Кизкой могли прозвать плаксивого ребёнка или человека с тонким, высоким голосом. Эта версия слабее, потому что глагол редкий и локальный, но полностью исключать её нельзя.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ин указывает на принадлежность — «чей?» — «Кизкин», то есть сын или потомок Кизки. Фамилия недворянская, скорее всего, крестьянская или мещанская, что подтверждается её распространением в основном в северных и восточных областях России, где такие «простые» формы на -ин были особенно часты.

В написании фамилии подкупает её краткость и редкое звучание. В отличие от более распространённых однокоренных фамилий вроде Кизина или Кизяева, Кизкин сохранила исходную уменьшительную форму без наращения, что делает её более архаичной и личной — как прозвище, которое закрепилось за одним конкретным родом.