Фамилия Кизленко — типичный пример украинской модели фамилии на -енко. Этот суффикс, один из самых распространённых в украинской ономастике, первоначально означал «сын» или «маленький», «потомок». То есть Кизленко — это буквально «маленький Кизло» или «сын Кизлы». Такие фамилии закрепились в основном в левобережной и центральной Украине, в частности в Полтавской, Черниговской, Сумской и Киевской губерниях, в среде казачества и крестьянства.

Основа фамилии — «Кизл-» — вызывает больше вопросов, чем суффикс. Корень «кизл» не является ни христианским каноническим именем, ни распространённым славянским словом. Скорее всего, это прозвище, которое могло возникнуть из диалектного или профессионального контекста. В некоторых говорах «кизло» — это человек с характерной походкой, кривоногий или неуклюжий. Существует и версия, что прозвище связано с тюркским «киз» (девушка, девица) — так могли прозвать женоподобного или очень застенчивого мужчину, но это объяснение менее вероятно, так как суффикс -енко предполагает прозвище на -о, а не на -а.

В украинской антропонимии встречаются и другие фамилии с этим корнем — Кизло, Кизленко, Кизляк. Интересно, что вариант Кизленко мог фиксироваться и в русифицированной форме Кизленков, но именно форма на -енко — аутентичная и указывает на украинское происхождение рода. Социальный контекст здесь прост: носители фамилии — преимущественно потомки казаков или крестьян, получившие фамилию по уличному прозвищу предка, которое, скорее всего, описывало его внешность или манеру поведения.