Фамилия Кизлюк — редкий случай, когда корень слова не имеет очевидных параллелей в русском языке, а значит, искать его происхождение стоит в других языковых традициях. Модель образования типична для украинских и польских фамилий: суффикс -юк указывает на «сына» или «потомка» человека по имени или прозвищу. То есть Кизлюк — это «сын Кизла» или «человек из рода Кизлов».

Самая вероятная версия — прозвище Кизёл, Кизло или Кизля, от которого и пошла фамилия. В украинских говорах слово «кизёл» или «кизло» могло означать козла (сравните с польским kozioł). Прозвища по животным в крестьянской среде были обычным делом: так могли назвать упрямого, бородатого или бодливого мужчину. Менее распространённая, но возможная версия — связь с диалектным «киз» или «киза» (коза, козочка) в некоторых западноукраинских говорах. В этом случае фамилия Кизлюк — вариант более известной Козлюк, но с местным фонетическим изменением.

Вторая гипотеза отсылает к литовскому или балтскому корню. В литовском языке есть слово kýžti (кричать, визжать) или kýžis (визг). Если предок жил на территории современной Литвы или Беларуси (где балтский субстрат силён), прозвище Кизла могло означать крикливого или визгливого человека. В пользу этой версии говорит то, что фамилия Кизлюк встречается в западных регионах Украины, в частности на Волыни и в Ровненской области, где исторически был контакт с балтскими языками.

Фамилия недворянская, крестьянская или мещанская по происхождению. Суффикс -юк в украинской ономастике — один из самых распространённых для фамилий простых людей. Кизлюки, скорее всего, были хлеборобами или ремесленниками. В польской традиции аналогичная фамилия могла бы выглядеть как Kizieluk или Kizluk, но украинское смягчение (Кизлюк) указывает именно на восточнославянскую языковую среду. Поиск по открытым базам показывает, что фамилия редкая, сосредоточена в нескольких сёлах Западной Украины и среди потомков переселенцев в Сибири и на Дальнем Востоке.