Фамилия Кизляпупкин звучит настолько необычно, что сразу возникает подозрение: перед нами не исконное родовое имя, а поздняя канцелярская или шуточная конструкция. Однако, если разобрать её по частям, становится понятно, что она сложилась по тем же законам, что и десятки других русских фамилий, просто исходное слово было редким или локальным.

Основа фамилии — прозвище Кизляпупка. Первая часть, «кизля-», скорее всего, восходит к тюркскому корню «киз» (девушка, девица) или к глаголу «кизяк» (сухой навоз, кизяк). В русских говорах слово «кизля» могло означать нечто высохшее, сморщенное или, в переносном смысле, хитрого, пронырливого человека. Вторая часть, «-пупка», — это уменьшительное от «пуп» (пупок, центр живота). В прозвищах «пуп», «пупок» часто давали кругленьким, пузатым людям или, наоборот, тем, кто был «пупом земли» — главным в своей среде.

Таким образом, Кизляпупка — это составное прозвище, которое могло означать «высохший пупок» (ироничное описание тщедушного человека) или «хитрая пузатая девка» (если первая часть от «киз»). В любом случае, прозвище было шутливым, бытовым, не обидным, а скорее характеризующим внешность или поведение.

Суффикс «-ин» указывает на принадлежность: «чей сын?» — Кизляпупкин, то есть сын или потомок Кизляпупки. Такая модель типична для фамилий, образованных от прозвищ на -а/-я (как Пупкин, Шишкин, Галкин). Географически фамилия могла возникнуть в южнорусских или поволжских регионах, где сильнее тюркское влияние и где в говорах встречались подобные составные прозвища.

Встречается версия, что фамилия могла быть искусственно создана в семинарской или канцелярской среде для «благозвучия» или как калька с греческого. Однако это маловероятно: семинаристы обычно брали фамилии по названиям церквей (Рождественский) или переводили на латынь, а не сочиняли такие бытовые гибриды. Кизляпупкин — это именно народное, деревенское прозвище, которое закрепилось в официальной записи.

Известных исторических носителей фамилии нет, что подтверждает её редкий, локальный характер. Скорее всего, предки носителя фамилии были крестьянами или мещанами, а само прозвище дали за какую-то яркую черту — либо за маленький рост и худобу («высохший пупок»), либо за хитрость и округлость («хитрый пузан»).