Фамилия Кизнерцев — редкий случай, когда географическое название почти наверняка перешло в фамилию без посредников. Её основа — топоним Кизнер. Так называется посёлок городского типа в Удмуртии, центр Кизнерского района. Название посёлка восходит к удмуртским словам «киз» (ель) и «нер» (мыс, возвышенность), то есть «еловый мыс». Выходец из Кизнера получал прозвище Кизнерец, а его потомки становились Кизнерцевыми.

Суффикс -ев- указывает на принадлежность: «чей?» — Кизнерцев. Формально это притяжательное прилагательное, образованное от прозвища Кизнерец. Такая модель типична для фамилий, которые фиксировали место жительства или происхождения человека. Если бы основа оканчивалась на -а, мы бы увидели суффикс -ин (как в фамилии Кизнерин), но здесь работает правило твёрдой основы.

Версия с прозвищем от профессии или личного имени маловероятна. Слово «кизнер» в русских говорах не зафиксировано, а имя Кизнер не встречается в святцах и не было распространено. Единственная альтернатива — искусственное происхождение, когда фамилию давали по названию населённого пункта при переписи или переселении, но это уже частный случай той же топонимической схемы.

География фамилии узкая. Кизнерцевы встречаются преимущественно в Удмуртии и соседних регионах — Кировской области, Татарстане. За пределами этих мест фамилия редка. Это подтверждает её локальный характер: предки носителей, скорее всего, были крестьянами или мещанами из Кизнера или его окрестностей, которые при переезде в другой уезд или город получали фамилию по месту выхода.

С точки зрения словообразования фамилия прозрачна и не даёт повода для споров. В отличие от многих русских фамилий, где корень затемнён или имеет несколько толкований, Кизнерцев — пример прямой топонимической номинации. Единственная сложность — не путать её с фамилией Кизнер, которая может быть как удмуртской (без суффикса), так и немецкой (от фамилии Kiesner).