Фамилия Клапатовский образована по самой распространённой у славян модели — от названия места, где жил основатель рода, с помощью суффикса -ский. Такие фамилии в Польше, на Украине и в западных областях России носили в основном дворяне и шляхта, но позже они закрепились и за крестьянами, переселившимися из другого села или получившими фамилию по месту приписки. В основе лежит топоним Клапатов или Клапатово — такие названия встречаются в Польше (например, Kłapaczów), а также в Западной Украине и Беларуси.

Корень «клапат-» неоднозначен. Первая и самая вероятная версия связывает его с польским «kłapać» — «хлопать», «лязгать» (зубами), «болтать». Прозвище Клапата мог получить говорливый человек или тот, у кого была привычка щёлкать зубами. Вторая версия — от «клапа» (уменьшительное от «клапан») в значении «заслонка» или «откидная часть одежды»; такое прозвище могло относиться к портному или мастеру по изготовлению заслонок (печных, обувных). Третий, более редкий вариант — от диалектного «клапати» (украинское, белорусское) — «колотить», «стучать»; тогда прозвище могло достаться плотнику или мельнику.

Сам суффикс -ов- в середине фамилии (Клапат-ов-ский) указывает, что первоначальное название села звучало как Клапатово или Клапатов (типичное притяжательное название от имени или прозвища владельца). То есть предок носителя фамилии был либо выходцем из такого села, либо получил фамилию по поместью, которое принадлежало человеку по прозвищу Клапат.

Фамилия редкая и географически привязана к западнорусским и украинским землям, а также к восточной Польше. В дореволюционных метрических книгах Клапатовские встречаются среди мещан и однодворцев Волынской, Подольской и Гродненской губерний. В дворянских родословных книгах эта фамилия не значится — скорее всего, она принадлежала к мелкопоместной шляхте, которая со временем слилась с крестьянством.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Клапатюк, Клапатенко, Клапатов) показывает, что все они образованы от одного прозвища, но в разных регионах. Форма на -ский — самая «статусная», закреплявшая за человеком принадлежность к определённой местности, а не просто к роду.