Фамилия Клеинер — одна из тех, что указывает на внешность или характер предка, но с неожиданным поворотом. В её основе лежит немецкое прилагательное klein — «маленький, невысокий». Это типичное прозвище для невысокого человека, которое в немецкоязычной среде закрепилось как фамилия. В России она появилась вместе с переселенцами из Германии — ремесленниками, врачами, аптекарями, которых приглашали на службу в XVIII–XIX веках, или позже, в ходе миграций.

Суффикс -ер в фамилии — характерный немецкий формант, обозначающий деятеля или носителя признака. В отличие от русских фамилий на -ов/-ин, где основа чаще всего притяжательная («чей?»), Клеинер — прямая характеристика: «тот, кто мал». В немецких диалектах встречаются варианты Kleiner, Kleinert, и написание через «еи» (Клеинер) — это адаптация под русскую графику, где буквосочетание «ей» передаёт немецкое ei (произносится как «ай»). По-русски фамилию произносят с ударением на первый или второй слог — оба варианта встречаются.

Интересно, что фамилия не обязана была указывать именно на рост. В некоторых случаях Klein могло быть прозвищем младшего сына или человека, занимавшего подчинённое положение. В еврейской среде (особенно у ашкеназов) фамилия Kleiner также встречалась, но там она нередко была «искусственной» — её давали при записи в метрические книги в Австро-Венгрии или Российской империи, часто переводя прозвище с идиша. Однако для русскоязычного носителя Клеинер — прежде всего немецкая фамилия, указывающая на предка-переселенца, который был невелик ростом или получил это прозвище по стечению обстоятельств.

В России фамилия встречается редко, сосредоточена в городах с историческими немецкими общинами — Санкт-Петербург, Саратов, Одесса, а также в Москве. Дворянского статуса у неё, как правило, не было: носители Клейнер были мещанами, ремесленниками, позже — интеллигенцией. В советское время фамилия не менялась, хотя некоторые носители могли русифицировать её, заменяя окончание на -ов (Клейнеров) — но это скорее исключение.

Коротко: Клеинер — немецкая фамилия-прозвище от слова «маленький», попавшая в Россию с переселенцами. Предок был либо невысоким, либо младшим в семье, либо просто получил такую «бирку» при записи.