Фамилия Клишевские — один из тех случаев, когда географическая привязка почти очевидна, а вот с корнем слова приходится разбираться. Типичный для восточнославянских фамилий суффикс -ск- указывает на дворянское или шляхетское происхождение (в польской традиции — на гербовую шляхту), но в XIX веке такие фамилии нередко получали и выходцы из духовенства, и крестьяне, переселившиеся из одной местности в другую. В основе фамилии лежит название населённого пункта — скорее всего, села или местечка Клишево или Клишев. Таких топонимов несколько: например, село Клишево существует в Подмосковье (Раменский район), а также в Беларуси (Витебская область) и на Украине (Житомирская область). Именно от названия «Клишево» и образована фамилия по модели «житель Клишева — Клишевский», а во множественном числе — «Клишевские» (родом из этой семьи).

Сам топоним «Клишево» в свою очередь восходит к прозвищу или имени Клиш. Это может быть диалектное или уменьшительное от имени Климент (в просторечии — Клим, Клиша). Вторая версия менее очевидна, но тоже возможна: в польском языке «klisza» — это фотопластинка или клише (от фр. cliché), но для средневекового прозвища это слово слишком позднее. Куда вероятнее, что Клиш — это вариант имени Клим или же производное от глагола «кликать» (звать), то есть прозвище человека с громким голосом или зазывалы.

В польской ономастике фамилия Kliszewski встречается в документах с XVI века и тоже выводится от названия имения Kliszewo (такие деревни есть в Великопольском и Куявско-Поморском воеводствах). Таким образом, Клишевские — это типичная «топографическая» фамилия, закрепившаяся за родом, владевшим или жившим в одноимённом поселении. Сословно среди носителей могли быть как мелкопоместные дворяне (шляхта), так и крестьяне, получившие фамилию по месту выхода после отмены крепостного права. В современной России фамилия встречается редко, в основном в центральных областях и на юге.