Фамилия Клизэ — редкая, с неочевидной этимологией, и здесь придётся разбираться по косвенным признакам. Первое, что бросается в глаза: окончание -э. В русских фамилиях оно почти не встречается. Такое окончание характерно для фамилий молдавского или румынского происхождения, где многие фамилии оканчиваются на -е или -э (например, Долгэ, Мокану). Второй вариант — это адаптация западноевропейской фамилии, скажем, французской или немецкой, которую записали на слух. Например, фамилия Clisé могла превратиться в Клизэ при переселении носителя в Российскую империю.

Если исходить из молдавско-румынской версии, основа «клиз» может быть связана со словом «клизэ» (рум. cleză) — так в некоторых диалектах называли глину, вязкую землю. Тогда прозвище Клизэ могли дать человеку, который жил на глинистой почве, работал с глиной (гончар, строитель) или просто был медлительным, «вязким» по характеру.

При западном происхождении возможна связь с французским глаголом «cliser» — трескаться, раскалываться. Вряд ли это прямое прозвище, скорее всего, фамилия образована от топонима: во Франции есть коммуна Клиз (Claix), а также местечко Клизе (Clizé). Переселенец, носивший имя по месту рождения, мог получить в России фамилию Клизэ.

Третья, менее вероятная версия — искусственное происхождение. В XIX веке в духовных училищах семинаристам иногда давали фамилии, образованные от латинских или греческих слов. Латинское «clausus» (закрытый) или греческое «κλείς» (ключ) теоретически могли дать Клизэ, но это уже натяжка.

Географически фамилия Клизэ встречается в единичных случаях, преимущественно на юге России и в Приднестровье, что подтверждает молдавскую версию. Сословная принадлежность предков неясна — носители могли быть и крестьянами, и мещанами, но в любом случае фамилия недворянская, без суффикса -ский или -ов, что указывает на простое происхождение.

Однозначного ответа нет, но наиболее правдоподобно, что Клизэ — это румынская или молдавская фамилия, связанная с глиной или местностью, либо редкий вариант записи западноевропейской фамилии.