Фамилия Клохтунова звучит редко и сразу привлекает внимание. Её основа — глагол «клохтать» или «клохтать», который в русских говорах означает «кудахтать, издавать гортанные звуки, похожие на квохтанье наседки». Слово это звукоподражательное, родственное «клокотать» и диалектному «клохтать» — издавать клокочущие звуки. Первым носителем фамилии, скорее всего, был человек, получивший прозвище Клохтун.

Прозвище Клохтун могли дать по нескольким причинам. Самая прямая — за манеру речи: человек говорил гортанно, с придыханием, как бы «клохтал». В среде охотников и птичников так могли прозвать того, кто подражал голосам птиц или занимался ловлей дичи на манок. Менее вероятно, но возможно, что прозвище закрепилось за человеком суетливым, хлопотливым — по аналогии с курицей-наседкой, которая постоянно «клохчет» над цыплятами.

Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе «Клохтун» добавили суффикс -ов-, указывающий на принадлежность («чей?»). Клохтунова — это «дочь или жена Клохтуна». Суффикс -ун в основе «Клохтун» — активный словообразовательный элемент, характерный для прозвищ по действию (ср. Болтун, Молчун, Ворчун). Он подчёркивает, что прозвище отражало устойчивую черту или привычку человека.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным областям России, где диалектный глагол «клохтать» был в ходу. Встречается она нечасто, и это делает её особенно ценной для генеалогического поиска: носители фамилии, скорее всего, имеют общего предка, получившего прозвище несколько столетий назад. В дореволюционных переписях фамилия могла фиксироваться в вариантах Клохтунов, Клохтуновский, а также с «акающим» произношением — Клахтунов.

Таким образом, Клохтунова — прозвищная фамилия, указывающая либо на характерную манеру речи, либо на род занятий предка, связанный с птицами или подражанием их голосам. Она не имеет отношения ни к каким иностранным корням и является чисто русским ономастическим памятником народной наблюдательности.