Фамилия Клохтин — редкий случай, когда прозвище почти наверняка связано с характером или манерой поведения, а не с ремеслом или местностью. В основе лежит глагол «клохтать» — издавать гортанные звуки, напоминающие куриное квохтанье или сдавленный кашель. В русских говорах «клохтать» означало также «говорить невнятно, сипло» или «кричать по-птичьи». Человека, который говорил хрипло, с придыханием или резко, могли прозвать Клохтой — отсюда и пошла фамилия.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Клохтин — буквально «сын Клохты» или «из семьи Клохты». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ и личных имён, оканчивающихся на -а. В отличие от более распространённых -ов/-ев, -ин встречается реже, что делает фамилию заметной на фоне однокоренных, вроде Клохтов (если бы она существовала). Скорее всего, Клохтины — выходцы из северных или центральных губерний, где диалектное слово «клохта» бытовало активнее.

Менее вероятная, но допустимая версия связывает фамилию с названием птицы — клоктун (вид дикого гуся). Однако «клохта» в говорах чаще относится к звуку, чем к конкретному виду, поэтому прозвище закрепилось за человеком с характерной речевой особенностью, а не за охотником или птицеловом. Сословной привязки нет: Клохтиными могли быть и крестьяне, и мещане — фамилия не несёт следов дворянского или купеческого происхождения.

В написании фамилия устойчива, вариантов вроде Клахтин или Клохтен не зафиксировано. Это говорит о том, что основа не подвергалась сильной диалектной перестройке. Если искать аналоги, можно вспомнить фамилии Квочкин, Кряхтин, Шипякин — все они построены по той же модели: звукоподражательное прозвище + -ин. Клохтин среди них — один из самых прозрачных по смыслу, хотя и нечастый.