Фамилия Колохтин — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Скорее всего, в её основе лежит не имя, а прозвище или местное слово, которое уже вышло из употребления. Чтобы понять её, нужно разобрать словообразовательную модель.

Ключевой элемент — суффикс -ин. В русских фамилиях этот суффикс указывает на принадлежность: «чей?» — Колохтин означает «сын Колохты» или «человек из семьи Колохты». Сама основа Колохт- звучит архаично и не имеет прямых аналогов в современном литературном языке. Наиболее вероятная версия связывает её с диалектным глаголом или существительным, обозначающим нечто шаткое, неуклюжее или болтающееся. В северных и сибирских говорах словом «колохта» могли называть нерасторопного человека, а также неудобную, громоздкую вещь или даже кибитку, повозку. Сравните с однокоренными словами «колыхать», «колыхнуть» — то, что колеблется, ходит ходуном.

Менее вероятно, но возможно, что в основе лежит тюркское слово колох (в значении «слуга», «раб»), однако суффикс -т- в таком случае нехарактерен для русской адаптации. Кроме того, фамилия не выглядит как типичный тюркизм, каких много на юге России.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным регионам России, особенно к Архангельской области и бывшим новгородским землям. Именно там сохранились диалекты, где слово «колохта» было в ходу. Сословно, скорее всего, это фамилия крестьянская или посадская: прозвища на -охта/-ехта (ср. Чебота, Лепёха) давали в простонародье. Первый носитель, Колохта, мог получить своё прозвище за медлительность, неповоротливость или, наоборот, за привычку постоянно качаться, сидя на месте.