Фамилия Клонингер образована от аналогичного прозвища, которое восходит к немецкому слову Klon. На русский язык оно переводится как «лес». Вполне вероятно, что данное прозвище указывало на особенности места жительства предка – недалеко от леса. В старину ориентирами для людей нередко служили природные объекты. Так, в Книге памяти Омской области упоминается крестьянин Клонингер Фридрих Яковлевич, родившийся в 1895 году в деревне Петровка Н-Софиевского уезда Днепропетровской области.