Фамилия Клонина — редкий случай, когда её происхождение почти наверняка связано с конкретным ремеслом, а не с крестильным именем или прозвищем. В основе лежит не имя Клон, а слово «клонить» и его производные. В старых русских говорах «клонить» означало не только нагибать, но и заниматься бондарным делом — гнуть обручи, выпаривать и сгибать доски для бочек. Мастера-бондаря так и называли — клонильщик или просто клоня. От этого промыслового прозвища Клоня и образована фамилия Клонина.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Клонина — дочь или жена Клони. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще получали мужчины (Иван — Иванов), фамилии на -ин могли закрепиться за женщинами, если в основе лежало прозвище мужчины, оканчивающееся на -а или -я. То есть предок-носитель фамилии Клонина — человек, чьего отца или мужа в округе звали Клоней, то есть бондарем.

География фамилии узкая. Клонины встречаются в основном в северных и центральных областях России — в Архангельской, Вологодской, Костромской и Ярославской губерниях. Это те регионы, где бондарное ремесло было особенно развито: леса много, а бочки нужны и для солений, и для перевозки жидкостей. В южнорусских говорах фамилия почти не встречается — там бондарей чаще называли «бондарь» или «кубасник», откуда пошли Бондаревы и Кубасовы.

Словообразовательная модель здесь простая и прозрачная, но редкая: отглагольное прозвище на -я (Клоня) плюс притяжательный суффикс -ин. Аналогичные по схеме фамилии — Тянина (от «тянуть»), Катина (от «катить»), Шипина (от «шипеть»). Все они указывают на занятие или характерную черту человека, а не на имя. Поэтому Клонина — одна из тех фамилий, что прямо говорит: «мой предок делал бочки».