Фамилия Клонишев — редкая и с точки зрения словообразования, и по распространению. Её основа — не очевидное для современного уха слово, поэтому разберёмся по порядку, откуда она взялась и кем мог быть её первый носитель.

Ключ к фамилии — суффикс -ишев. В русских фамилиях он встречается намного реже, чем стандартные -ов/-ев или -ин. Этот суффикс, как правило, указывает на принадлежность к прозвищу или имени, оканчивающемуся на -иш. Чаще всего такие прозвища образовывались от имён или характеристик человека с помощью увеличительного или пренебрежительного суффикса -ище. Например, от имени «Клим» — «Климище», от «Пётр» — «Петрище». Фамилия Клонишев, скорее всего, пошла от прозвища Клониш (или Клонище), которое, в свою очередь, является производным от корня «клон».

Что могло значить это прозвище? Самая прямая версия — от глагола «клонить» (наклонять, сгибать). Прозвище Клониш могли дать человеку сутулому, постоянно наклоняющемуся, или тому, кто кланялся — например, просителю, богомольцу, или же, наоборот, тому, кто низко кланялся в знак уважения (ироничное прозвище). В диалектах слово «клониться» могло означать «приближаться к старости» или «клонить ко сну», поэтому прозвище могло закрепиться за сонливым или пожилым человеком.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с ремеслом. В некоторых говорах «клонить» означало «прививать» (деревья), а «клонило» — орудие для прививки. В этом случае Клониш — прозвище садовода или огородника, мастера по прививке плодовых деревьев.

Фамилия Клонишев — типично русская, образованная по модели «прозвище + суффикс принадлежности -ев». Поскольку суффикс -ишев указывает на то, что предка звали именно Клониш (а не Клонищев, что было бы формой от Клонище), фамилия тяготеет к северным и центральным регионам России, где такие краткие формы прозвищ были в ходу. Встречается она редко — в основном в Тверской, Псковской и Новгородской областях, а также в Сибири, куда фамилия могла уйти с переселенцами. Носитель фамилии Клонишев, скорее всего, потомок человека, получившего прозвище за характерную осанку, привычку или, что реже, за занятие садоводством.