Фамилия Клонюк — один из тех случаев, когда носитель фамилии слышит в ней что-то знакомое, но точного значения не улавливает. Всё дело в суффиксе -юк, который сразу указывает на западный ареал: такие фамилии типичны для западноукраинских земель, особенно Волыни, Подолья и Галиции. Суффикс -юк (как и -ук, -чук) — уменьшительный или патронимический, то есть первоначально он означал «сын такого-то» или «маленький, младший». Соответственно, Клонюк — это либо прямой потомок человека по имени или прозвищу Клон, либо человек, которого в семье или общине называли «маленьким Клоном».

Сам корень клон- в русском и украинском языках многозначен, и тут возможны две основные версии. Первая — от глагола «клонити» (наклонять, сгибать). В этом случае прозвище Клон могли дать человеку за характерную привычку ходить согнувшись, за низкий поклон (в церкви или перед старшими) или за работу, связанную с наклоном — например, косцу или жнецу. Вторая версия — от названия растения. В украинских говорах «клон» или «клен» — это клён. Прозвище Клон мог получить человек, живший у кленовой рощи или занимавшийся заготовкой кленовой древесины (клён шёл на сани, колёса, музыкальные инструменты). Такие «растительные» прозвища очень распространены в фамилиях на -юк: сравните Дубнюк, Березнюк, Соснюк.

С точки зрения словообразования, фамилия Клонюк стоит в одном ряду с такими же краткими и звонкими фамилиями, как Гнатюк, Дем’янюк или Степанюк. Но если те восходят к христианским именам, то Клонюк, скорее всего, прозвищного происхождения — это говорит о том, что предок носителя фамилии выделялся не именем, а какой-то внешней или бытовой приметой.

Географически фамилия Клонюк встречается нечасто, что подтверждает её локальный характер. Основной массив носителей — западная Украина, отдельные семьи могли переселиться в соседние области Беларуси и Польши. В России фамилия редкая, и если встречается, то, скорее всего, в результате миграций XX века. Сословной принадлежности у таких фамилий чаще всего нет: их носили крестьяне и мещане, реже — казаки. Знатных родов с окончанием -юк практически не бывает — это маркер простонародного, сельского происхождения.