Фамилия Клонов — редкий случай, когда основа на слуху, но её значение ускользает. На первый взгляд, корень «клон» отсылает к современному слову «клон» (копия), но это обманчиво: русские фамилии с таким корнем появились задолго до генетики и научной фантастики. Реальная основа — древнерусское прозвище Клон или производное от глагола «клонить».

Словообразовательная модель проста: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?»), то есть Клонов — «сын Клона» или «из рода Клона». Само прозвище Клон, скорее всего, дали человеку с характерной осанкой — сутулому, постоянно наклоняющемуся, или тому, кто «клонил» голову в поклоне. В северных и центральных говорах «клонить» означало также «нагибать, пригибать к земле», поэтому прозвище могло закрепиться за крестьянином, работавшим в согнутом положении (косарь, жнец). Менее вероятная, но возможная версия — связь с диалектным словом «клон» (родник, ключ, бьющий из-под земли), которое встречается в псковских и тверских говорах. В этом случае фамилия указывала бы на место жительства у такого источника.

Географически фамилия Клонов встречается крайне редко, в основном в центральных областях России и на Урале. В дореволюционных переписях она не фиксируется как дворянская или купеческая — скорее всего, это крестьянская или мещанская фамилия, возникшая в среде, где прозвища давали по внешности или повадкам. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» Клонов не упоминается, что подтверждает её редкость и локальный характер.

Если отбросить современные ассоциации, Клонов — типичная «прозвищная» фамилия, где за основой стоит живой человек, которого когда-то так окрестили соседи. Спектр значений узок, но ясен: либо внешний признак (сутулость), либо действие (поклон, работа внаклон), либо, с натяжкой, топоним. Другие версии, например, от греческого «клон» (ветвь) или от фамилии Клоновский, выглядят натянутыми и не подтверждаются источниками.