Фамилия Клоницкий образована по самой распространенной в славянском мире модели — от названия населенного пункта с суффиксом -ск(ий). Такие фамилии в Польше, Беларуси и на западе России обычно получали дворяне, владевшие поместьем, или люди, переселившиеся из этого места. Основа здесь — Клоница, Клоники или Клонино. В Польше есть несколько деревень с названием Клонице (Kłonice) в Свентокшиском и Лодзинском воеводствах, но ближе к русскому уху звучит вариант Клоники — топоним встречается в современной Беларуси, в Витебской области. Человек, выехавший оттуда, становился Клоницким.

Менее вероятная, но допустимая версия отталкивается от прозвища Клон. В старину «клоном» могли назвать согбенного, сутулого человека, либо того, кто постоянно «клонил» голову в поклоне — например, служку при монастыре. Но эта версия слабее: суффикс -ицк(ий) в русских фамилиях почти всегда указывает на географическое происхождение, а не на личное качество. Если бы основой было прозвище, скорее получилась бы фамилия Клонов.

Любопытно, что в польской ономастике существует фамилия Kłonicki, которую иногда путают с Клоницким. Разница в одну букву, но Kłonicki происходит от Kłonice, а Клоницкий — скорее из восточнославянской среды, где ударение падает на второй слог: Кло-ниц-кий. Встречается она редко, в основном в южных областях России и в Беларуси, что подтверждает версию о переселенческом прозвище из небольшого села или хутора.

Социальный статус первых носителей определить сложно. Фамилии на -ский в крестьянской среде появлялись поздно, к концу XIX века, когда крестьянам давали фамилии по названию их собственной деревни. Если Клоницкие — бывшие крепостные из имения Клоники, то их предки могли быть простыми землепашцами. Если же фамилия шляхетская — то мелкими землевладельцами. Точных сведений о гербе или известных исторических фигурах с этой фамилией нет, поэтому гадать не стоит: перед нами типичная топонимическая фамилия, каких тысячи, но с собственной географической привязкой.