Фамилия Клоновцов — редкий пример, когда основа, на первый взгляд, прозрачна, но на деле ставит больше вопросов, чем ответов. Слово «клон» в современном языке ассоциируется с биологией и копированием, однако эта фамилия возникла задолго до появления термина. Её корень уходит в донаучную эпоху, и разгадка лежит в диалектной лексике или в искажении другого слова.

Словообразовательная модель указывает на суффикс -ов-, который типичен для русских фамилий, образованных от прозвищ или мирских имён. Основа «Клоновц-» — это притяжательная форма от прозвища Клоновец. Суффикс -ец в прозвище мог означать либо жителя какой-то местности («клонец» — житель Клонова?), либо уменьшительную форму. Самое правдоподобное объяснение: «клон» — это диалектное название растения. В говорах центральной России и Поволжья «клоном» иногда называли клён (с перестановкой звуков) или особый вид полыни. Человек, которого прозвали Клоновец, мог жить в кленовой роще или заниматься сбором трав.

Вторая версия, менее вероятная, но имеющая право на существование: фамилия могла возникнуть от географического названия. На карте России встречаются топонимы Клоново (например, в Костромской области) и Клонов. Житель такого села получал прозвище Клоновец, а его потомки становились Клоновцовыми. Однако массовых переселений из таких мест не зафиксировано, и фамилия остаётся штучной.

В написании фамилии есть любопытная деталь: сочетание «вц» в середине — довольно редкое для русских фамилий (сравните с Кольцов, Гольцов). Оно указывает на то, что прозвище Клоновец было реально употребительным, а не книжным. Носители фамилии, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми из северных или центральных губерний России. Фамилия не получила широкого распространения и не попала в известные дворянские родословные, что подтверждает её народное, прозвищное происхождение.