Фамилия Клубченко звучит нарочито по-украински, и это не случайность: её выдает суффикс -енко, который в XVI–XVIII веках закрепился в Поднепровье и на Левобережной Украине как главный показатель патронимической фамилии (буквально «маленький», «сын такого-то»). Основа здесь — Клуб, и именно она порождает главный вопрос: что это было — имя, прозвище или ремесло?

Самое прямолинейное объяснение отсылает к слову «клуб» в значении «моток ниток, спутанная масса». В этом случае прозвище Клуб могли дать человеку неопрятному, сутулому или, напротив, тому, кто занимался прядением, ткачеством или вязанием — работал с клубками. Однако в украинских говорах у слова «клуб» был и другой смысл: так называли пар, туман, облако пыли. Прозвище Клуб мог получить человек с тяжелым дыханием, пыльный или живущий в туманной низине — образная, но вполне возможная версия.

Менее очевидный, но интересный вариант — связь с именем Клуб, сокращенной формой от канонического имени Никита или, реже, от Акинф (в быту — Кинфа, Клуба). В украинской народной традиции усечение имен до одного слога было обычным делом: Никита превращался в Китю, а в некоторых диалектах — в Клуба. Тогда Клубченко — «сын Клуба», то есть потомок человека, которого в церкви звали Никитой, а в семье — просто Клубом.

Географически фамилия привязана к центральным и восточным областям Украины: Полтавщина, Черкащина, Сумщина. В российских переписях Клубченко встречается редко и почти всегда как след поздних миграций XIX–XX веков. Сословной привязки нет — носители могли быть и казаками, и крестьянами, и мещанами; суффикс -енко в равной степени бытовал во всех слоях малороссийского общества.

В русском языке фамилия застыла в украинской форме без адаптации: окончание -о не склоняется у мужчин, у женщин не склоняется вовсе. В официальных документах XIX века могли писать «Клубченков» — по аналогии с русскими фамилиями на -енков, но в современном виде Клубченко сохранила исходный облик.