Фамилия Кнабаева — редкий случай для русского ономастикона, и её разбор начинается не с корня, а с суффикса. Окончание -ава выдает в ней вариант женской формы от фамилии на -ев: Кнабаев. Но сама основа Кнаба- стоит особняком. В русском языке нет исконного слова «кнаба» или «кнаб». Это почти наверняка тюркский след. В тюркских языках (татарском, башкирском, казахском) «кнаб» или «кнапа» — искаженное от «кнафа», что значит «рабыня» или «невольница». Однако в составе фамилии это слово могло переосмыслиться: в кочевых обществах «раб» нередко становился прозвищем для человека, попавшего в зависимость, но позже получившего свободу, или для того, кто служил в доме знатного рода.

Вторая версия, более прозаичная: основа могла произойти от арабского «кинаб» — «веревка», «поводок». В таком случае прозвище Кнаб давали либо ремесленнику, вьющему канаты, либо пастуху, который водил скот на привязи. В степных районах Поволжья и Приуралья такие прозвища были распространены, а фамилии на -ев/-ава типичны для татарских и башкирских родов, входивших в состав Российской империи.

Географически Кнабаевы чаще всего встречаются в Башкортостане и Оренбургской области — это регионы, где смешивались тюркские и русские фамильные модели. В отличие от русских фамилий на -ин, где суффикс указывает на принадлежность к отцу (Иван — Иванов), тюркские основы с суффиксом -ев/-ава в русской записи просто фиксировали прозвище как есть. Никакой знатной родословной за Кнабаевыми не числится — это фамилия крестьянская или ремесленная, что подтверждается отсутствием в дворянских списках.

Сравнение с однокоренными фамилиями вроде Кнабов или Кнапин показывает, что Кнабаева — вариант, характерный для регионов, где тюркское население переходило на русские фамильные окончания, но сохраняло исходное звучание прозвища. Споров о значении немного: большинство исследователей сходятся на тюркском корне «кнаб» (невольник или ремесленник), а версия с арабским «кинаб» остается маргинальной из-за редкости такого заимствования в бытовых прозвищах.