Фамилия Кначукова — редкий пример, где основа почти наверняка не славянская, а тюркская или кавказская, а русский суффикс -ов- «натурализовал» её в русской среде. Если отбросить окончание -а, указывающее на женский род (Кначуков — мужской вариант), в центре стоит корень «кнач» или «кначук». Самое правдоподобное объяснение: это вариант фамилии Кнауков или Кнаухов, восходящей к тюркскому прозвищу «кнау» — «злой», «свирепый» или «хитрый». В карачаево-балкарском, кумыкском и ногайском языках встречаются схожие основы, которые дали фамилии Кнауковы, Кнауховы. Форма с «-чук» (Кначук) характерна для тюркских языков как уменьшительный или принадлежный суффикс: «Кначук» могло означать «сын Кнау» или «маленький Кнау».

Другая версия, менее вероятная, — что в основе лежит диалектное русское слово. В некоторых говорах «кнач» или «кначка» могло означать нечто вроде «обрубок», «коротыш» или даже «скупец», но такая лексика почти не встречается в письменных источниках, и фамилия не имеет широкого распространения в русских регионах. География подсказывает: Кначуковы — фамилия редкая, её носители встречаются в основном на Северном Кавказе (Ставрополье, Карачаево-Черкесия) и среди казаков, что укрепляет версию о тюркском корне. Возможно, предок получил прозвище Кначук за крутой нрав или военную хитрость, а при переходе в православие фамилию записали на русский манер с суффиксом -ов.

Суффикс -ов- в фамилии Кначукова — стандартный русский патронимический формант, который закрепился за фамилией в XIX веке при документальном оформлении. В отличие от фамилий на -ин, которые чаще образуются от основ на -а/-я, здесь суффикс присоединили к уже готовой тюркской основе, не переделывая её. Если сравнивать с однокоренными, то Кнауков — более прямая параллель, а Кначуков — её уменьшительный вариант, закрепившийся как самостоятельная фамилия.