Фамилия Кнакнина — редкий случай, когда женская форма закрепилась как основная, а не как производная от мужской. Обычно фамилии на -ин образуются от мужских прозвищ или профессий, но здесь, судя по всему, исходной стала женская основа — слово «кнакня». В русских говорах «кнакня» (или «кнакна») означало плаксу, капризного и нудного человека, того, кто постоянно хнычет и жалуется. Прозвище давали не столько за частые слезы, сколько за манеру ныть и надоедать окружающим.

Модель образования проста: суффикс -ин указывает на принадлежность — «дочь Кнакни» или «жена Кнакни». Но поскольку сама фамилия существует в женской огласовке (Кнакнина, а не Кнакнин), скорее всего, она закрепилась за женщиной, которая была главой семьи или единственной носительницей прозвища. В крестьянской среде, где фамилии часто давались по матери, если отец был неизвестен или умер рано, такое было возможно.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным областям России — Вологодчине, Костромской, Архангельской губерниям. Там диалектное слово «кнакня» фиксируется в словарях местных говоров. В южных регионах, где преобладали украинские и тюркские влияния, она почти не встречается.

Интересно, что фамилия не претерпела изменений в написании: в дореволюционных документах она писалась так же, через «кн». Это говорит о том, что прозвище было устойчивым и не переосмысливалось в более благозвучные формы. Никакой связи с немецкими или скандинавскими корнями (как может показаться из-за звучания) нет — это чисто русская диалектная основа.

Версия, что фамилия могла произойти от мужского имени «Кнак» (гипотетического), маловероятна: такого имени в святцах или в бытовом обиходе не зафиксировано. Так что прозвище по характеру — самое правдоподобное объяснение. Предок носительницы фамилии, вероятно, был человеком с тяжелым нравом или, наоборот, слишком чувствительным, что и закрепилось в родовом имени.