Фамилия Кнеев образована по одной из самых распространённых в русской ономастике моделей: основа + суффикс -ев. Суффикс указывает на принадлежность («чей?»), то есть Кнеев — сын или потомок человека по прозвищу или имени Кней. В этом случае основа фамилии — Кней, и именно от неё отталкиваемся в поиске корней.

Что могло означать слово «кней»? Есть две основные версии, и первая из них гораздо убедительнее. Кней — это диалектная форма слова «кнея», которое в некоторых русских говорах означало «кнут» или «плеть». Прозвище Кней могли дать человеку резкому, строгому или, возможно, тому, кто плел кнуты — то есть кожевнику или шорнику. В пользу этой версии говорит то, что прозвища по орудиям труда и ремесленным инструментам в русской традиции — явление обычное (вспомним фамилии Топоров, Ножев, Молотов).

Вторая версия связывает основу с тюркскими языками. В ряде тюркских наречий «кней» или близкие по звучанию слова означают «широкий», «ширь». Если принять эту гипотезу, то прозвище Кней могло указывать на внешность — широкоплечего или плотного человека. Однако эта версия менее вероятна, так как фамилия Кнеев встречается преимущественно в центральных и северных областях России, где тюркское влияние на бытовые прозвища было слабее, чем на юге или в Поволжье.

Географически фамилия редкая. Её носители фиксируются в основном в Вологодской, Костромской и Кировской областях. Это зона бытования севернорусских говоров, где как раз и сохранилось слово «кнея» в значении «кнут». Такая региональная привязка делает первую версию — от прозвища по ремеслу или характеру — основной.

Социально предки Кнеевых, скорее всего, были либо крестьянами, либо посадскими людьми. Фамилия не дворянская и не духовная, что подтверждается её типичной «крестьянской» словообразовательной моделью с суффиксом -ев. В документах XVII–XVIII веков фамилия не засветилась в боярских списках, что тоже косвенно указывает на простое происхождение.

Известных носителей с этой фамилией в истории не зафиксировано — это редкая, локальная фамилия, которая не попала в широкий тираж. Для потомков Кнеевых это, возможно, означает, что их род долго жил на одном месте, не смешиваясь с пришлым населением и сохраняя диалектное прозвище в основе фамилии.