Фамилия Кнежинцева — женская форма, мужская — Кнежинцев. В основе лежит слово кнежинец, которое можно разобрать на два элемента: корень кнеж- и суффикс -ин-, указывающий на принадлежность к чему-то или кому-то. Но кнеж- — это не стандартный русский корень. Он напрямую ведёт к польскому ksiądz (произносится «ксьондз») — «ксёндз», то есть католический священник. В старых русских говорах, особенно на западе и юго-западе, в зоне контакта с польским и белорусским языками, это слово переделывали на свой лад: «кнеж», «кнезь». Отсюда и «кнежинец» — либо выходец из местечка Кнежино (такие топонимы встречаются на территории современной Беларуси и Польши), либо человек, так или иначе связанный с ксёндзом: его сын, работник, крестьянин из прихода.

Вторая, более прямая версия — фамилия могла произойти от прозвища Кнежинец, данного пришлому человеку из польских или литовских земель, где knieja означает «лесная чаща», «пуща». В этом случае «кнежинец» — «лесной житель», «бортник» или просто «парень из глухой лесной стороны». Оба варианта не противоречат друг другу: фамилия явно западнорусского или польского происхождения.

Суффикс -цев- в окончании указывает на типичную модель образования русских фамилий от географических названий или прозвищ с окончанием -ец: Кнежинец → Кнежинцев (по аналогии с Молодец → Молодцев, или Белозерец → Белозерцев). Это говорит о том, что первый носитель фамилии был не просто «кнежинец», а его дети или потомки стали Кнежинцевыми — то есть фамилия укрепилась в среде, где ценили указание на место происхождения. Встречается фамилия преимущественно в центральных и южных областях России, куда в XVII–XVIII веках переселялись выходцы из Речи Посполитой.

В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) Кнежинцев не выделен как отдельная статья, но модель образования — прозрачная и типовая. Спорных версий здесь две: польский «ксёндз» против западнорусского «кнея» (лес). Первая кажется чуть правдоподобнее, потому что суффикс -ин- в слове «кнежинец» естественнее для обозначения принадлежности лицу («кнежин» — относящийся к кнежу), чем к лесу. Но окончательный выбор — за историей конкретной семьи: если предки жили в лесной зоне на границе с Беларусью, версия с «пущей» становится основной.