Фамилия Кнежинцевы — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. На слух она кажется иноязычной, но на деле образована по стандартной русской модели с суффиксом -ев, который присоединяют к основам, оканчивающимся на мягкий согласный или ц. В данном случае основа — Кнежинец.

Самая правдоподобная версия связывает фамилию с географическим названием. В польском, белорусском и украинском языках слово «кнежа» или «кнеж» — это вариант «князь» (от праславянского *kъnędzь). Соответственно, Кнежинец — это либо житель села Кнежин (такие топонимы встречаются на территории бывшей Речи Посполитой, например, Кнежин в Беларуси), либо человек, получивший прозвище по месту жительства. Формант -ец в основе указывает на принадлежность к местности: Кнежинец — «тот, кто из Кнежина». Тогда Кнежинцевы — это потомки переселенца из такого села.

Менее вероятна, но допустима версия от прозвища Кнежинец, данного человеку, который служил у князя или был его приближённым. Однако в русской ономастике прозвища от «князь» обычно закреплялись в форме Князев или Князьков, а форма с корнем «кнеж» — явный западнорусский или польский след. Суффикс -инц- (в основе Кнежинец) типичен для названий жителей по местности, что делает топонимическую версию основной.

В документах фамилия почти не встречается. Это говорит о её узколокальном бытовании, скорее всего, в западных губерниях Российской империи — Могилёвской, Витебской или Гродненской. В дворянские родословные книги Кнежинцевы, судя по всему, не попали. По сословному составу это, вероятнее всего, крестьяне или мещане, получившие фамилию при переписях XIX века по названию родной деревни.

Единственная особенность, которая выделяет эту фамилию среди похожих — сохранение мягкого произношения корня. В отличие от фамилий вроде Княжин или Князев, где корень твёрдый, здесь слышится польское или украинское влияние. Если искать однокоренные аналоги, то это фамилии Кнежинский, Кнежевич, Кнежицкий — все они указывают на ту же географическую или «княжескую» основу, но с разными суффиксами.