Фамилия Книдская — редкий случай, когда географическое происхождение почти наверняка перевешивает прозвищное или профессиональное. В её основе лежит древнегреческое название города Книд (Κνίδος) — крупного порта и торгового центра на юго-западе Малой Азии, знаменитого в античности храмом Афродиты и статуей Праксителя. Форма на -ская указывает на типичную модель образования фамилий от названий мест, где жили или откуда происходили предки. В России такие фамилии чаще всего получали выходцы из духовного сословия: семинаристам нередко давали «красивые» фамилии по греческим или латинским топонимам, чтобы подчеркнуть образованность и оторванность от простонародья.

Однако есть и вторая, менее очевидная версия. Суффикс -ск- мог присоединиться к основе «книд» не напрямую, а через прозвище Книда. В русских говорах слово «книда» (или «книдка») означало «вошь» — насекомое, от которого в дореволюционной России страдали все, независимо от сословия. Прозвище Книда могли дать человеку неопрятному, либо, наоборот, въедливому и докучливому, как паразит. От такого прозвища по модели «чей?» возникла бы фамилия Книдин или Книдов, но форма Книдская — притяжательная от женского рода («жена Книды» или «дочь Книды»), что встречается реже, но не исключено. В пользу этой версии говорит то, что фамилии от названий насекомых в русской ономастике не редкость: Блохин, Клопов, Тараканов.

Спор между двумя версиями решается просто. Если бы фамилия была массовой, её можно было бы связать с прозвищем. Но Книдская — фамилия штучная, единичная. В дореволюционных метрических книгах и адрес-календарях она почти не встречается, зато есть в списках выпускников духовных семинарий XIX века. Поэтому первая версия — книдская как «выходец из Книда» — гораздо правдоподобнее. Скорее всего, её носителем был священник или учитель, получивший фамилию при поступлении в семинарию за успехи в древних языках или просто по произволу начальства, любившего античные названия.

Интересно, что фамилия Книдская — почти исключительно женская по форме, хотя в реальности могла принадлежать и мужчине (в таком случае она не склонялась бы по родам, оставаясь неизменной). Это редкий случай, когда топонимическая фамилия застыла в форме женского рода, что добавляет ей лингвистической ценности.