Фамилия Книхута — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Если сразу отбросить славянские суффиксы, бросается в глаза корень, который звучит по-немецки. Скорее всего, перед нами пример фамилии, которая в русской среде подверглась сильной фонетической переработке, но сохранила иноземную основу.

Наиболее вероятная версия — немецкая. В немецком языке есть слово «Kniehut» или сложное слово, где первая часть «Knie» (колено), а вторая — «Hut» (шляпа, или в старой форме «защита, опека»). Однако в фамилиях часто встречается «Knüppel» (дубина) или «Knochen» (кость). Гораздо правдоподобнее, что основа — «Knecht» (слуга, батрак, подмастерье). В южнонемецких диалектах «Knecht» могло звучать как «Knecht» или «Knechtle», а при переносе в славянскую среду и последующей записи в документах (особенно в XIX веке) превратилось в «Книхута». Окончание «-а» в русском языке — типичная адаптация мужской фамилии, чтобы её можно было склонять.

Суффикс в фамилии отсутствует, что указывает на её позднее закрепление в форме прозвища или прямого заимствования. Фамилии такого типа («голая» основа) характерны для выходцев из Западной Украины, Беларуси или южных регионов России, где немецкие колонисты оседали с XVIII века. Если бы фамилия была чисто славянской, мы бы увидели суффикс «-ов» или «-ин». Здесь этого нет, что подтверждает иноязычный корень.

Вторая, менее вероятная версия — литовское или латышское происхождение. В балтийских языках есть слово «kniks» (изгиб, поклон) или «knikuoti» (кланяться), но фонетически «Книхута» плохо ложится на балтийскую модель. Немецкая версия остаётся основной.

Таким образом, предок носителя фамилии Книхута, скорее всего, был немецким переселенцем (ремесленником, батраком или солдатом), чью фамилию записали на слух в русских метриках. Фамилия не получила широкого распространения, поэтому её и сегодня можно встретить лишь в единичных семьях, чаще всего на юге России или в Сибири — в местах переселения немецких колонистов.