Фамилия Кнуде — редкий случай в русском ономастиконе, потому что она не вписывается в привычную модель русских фамилий на -ов, -ин или -ский. Скорее всего, перед нами фамилия немецкого или скандинавского происхождения, записанная в русской транскрипции. В немецком языке Knude может восходить к личному имени Knut (Кнут) — древнескандинавскому имени, которое означало «узел» или «родовитый человек». В Дании и Норвегии это имя носили короли, и в виде фамилии оно встречается у потомков выходцев из этих стран.

В русском контексте фамилия Кнуде могла появиться у обрусевших немцев или прибалтийских шведов, переселившихся в Российскую империю в XVIII–XIX веках. Её окончание -е характерно для немецких фамилий в форме именительного падежа (ср. Гёте, Шиллер), которые при передаче кириллицей сохраняли исходное окончание. Если бы фамилия была исконно русской, она скорее получила бы суффикс -ин (Кнудин) или -ов (Кнудов), но этого не произошло — значит, носители сохраняли иноязычную основу.

Есть и другая, менее вероятная версия: фамилия могла возникнуть из прозвища Кнуд, связанного с диалектным словом «кнуд» — в некоторых говорах так называли скупого, прижимистого человека (от «кнудить» — докучать, нудить). Но тогда фамилия должна была бы оформиться как Кнудов или Кнудин, а форма Кнуде указывает на прямой перенос прозвища без русификации, что для крестьянской среды XIX века нетипично. Поэтому версия с немецкими или скандинавскими корнями выглядит правдоподобнее.

Географически фамилия Кнуде встречается в России крайне редко, в основном в городах, где исторически селились немцы — Санкт-Петербург, Саратов, Вологда. В советское время многие носители могли сменить фамилию на более привычную для русского уха, поэтому сегодня Кнуде — почти исчезнувшая фамилия, сохранившаяся лишь в единичных семьях.