Фамилия Кнудэ звучит для русского уха необычно, что сразу указывает на её иноязычное происхождение. В отличие от подавляющего большинства русских фамилий, образованных с помощью суффиксов -ов, -ев, -ин, -ский, окончание -э здесь — редкий гость. Это верный признак того, что перед нами фамилия, перешедшая в русский контекст из другой языковой среды, скорее всего, из скандинавских или прибалтийских языков.

Наиболее вероятная основа фамилии — скандинавское, а точнее, датское или норвежское имя Кнуд (Knud). Оно восходит к древнескандинавскому Knútr, что означает «узел». В средневековой Скандинавии это имя было распространено благодаря королям, например, Кнуду Великому, правившему Данией, Англией и Норвегией в XI веке. Фамилия Кнудэ — это, по сути, русифицированная запись фамилии Knude, где конечное -e передано через русское -э, чтобы сохранить произношение твёрдого «д» и не смягчать его.

Как фамилия оказалась у носителей русского языка? Скорее всего, через обрусевших потомков скандинавов, переселившихся в Российскую империю в XVIII–XIX веках. Это могли быть специалисты, приглашённые на службу (военные, инженеры, моряки), или купцы из балтийских портов. Встречается фамилия и у балтийских немцев, которые часто использовали скандинавские корни. В русском написании она могла закрепиться без изменений (как Кнудэ) или с вариантом Кнуде, но форма с «э» на конце — более старая и редкая, характерная для дореволюционных записей, когда так передавали западноевропейское произношение.

Поскольку фамилия не типична для русского крестьянского или дворянского сословия, её носители, вероятно, принадлежали к городскому или служилому слою — выходцам из Прибалтики или Финляндии. Встретить её в массовых списках русских крестьян почти невозможно. Сегодня фамилия Кнудэ остаётся крайне редкой, и её обладатели, скорее всего, имеют корни, уходящие в историю скандинавских переселенцев на востоке Европы.