Фамилия Кнунова — женская форма фамилии Кнунов, и её происхождение напрямую связано с мужской основой. Разбирать Кнунова стоит через Кнунова: суффикс -ов указывает на принадлежность (буквально «чей?» — сын Кнуна), а сама основа — прозвище или нецерковное имя Кнун.

Корень здесь — «кнун». В русских говорах слово «кнун» имело несколько значений, и все они проливают свет на то, кем мог быть первый носитель. Самое прямое — «кнун» как вариант слова «кнут»: в некоторых диалектах (особенно северных и сибирских) «кнун» означало плеть, бич. Тогда Кнун — прозвище человека, который либо делал кнуты, либо часто ими пользовался (например, пастух, ямщик, надсмотрщик). Учитывая, что кнут был орудием труда и наказания, прозвище могло быть и ироничным — для строгого или вспыльчивого человека.

Вторая версия — от слова «кнун» в значении «комель, обрубок, короткий и толстый предмет». В архангельских и вологодских говорах так называли короткое бревно или чурбан. Прозвище Кнун могли дать коренастому, невысокому мужчине плотного телосложения. Эта гипотеза менее популярна в ономастике, но вполне вероятна для крестьянской среды, где внешность часто описывали через бытовые предметы.

Третья, более редкая версия связывает фамилию с тюркским корнем «кун» (солнце, день) через наращение -н-. Однако для фамилии Кнунов эта гипотеза слабая: тюркские заимствования в русских фамилиях чаще сохраняют исходную форму (Кунов, Кунаев), а появление согласной «н» внутри корня нехарактерно.

Фамилия Кнунова встречается в основном в центральных и северных областях России — в Ярославской, Костромской, Вологодской губерниях. Это указывает на её исконно русское, крестьянское происхождение. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано: в списках столбового дворянства Кнуновы не значатся. Скорее всего, предки носительницы фамилии были государственными или помещичьими крестьянами, а прозвище Кнун закрепилось за родоначальником в XVI–XVII веках.

Словообразовательно фамилия проста: основа + типичный русский суффикс принадлежности. Это типичная «патронимическая» модель, но не от крестильного имени, а от прозвища. Поэтому Кнунова — фамилия, которая прямо говорит о характере, занятии или внешности предка, без посредников в виде церковных календарей.