Фамилия Кнюкштайте — редкий для России случай, когда окончание выдаёт в носителе женщину, а сама фамилия — литовские корни. Суффикс -айтė (-aitė) в литовском языке — типичный показатель незамужней женщины, дочери. Это аналог русских фамилий на -а (Иванова, Петрова), но с чёткой грамматической привязкой к полу и семейному статусу. Мужская форма от неё — Кнюкштас или Кнюкштис, а замужняя женщина носила бы фамилию Кнюкштене.

Основа фамилии — кнюкшт- — восходит к литовскому слову kniūkštė, которое в диалектах означает «сова» или «сыч». Скорее всего, прозвище Кнюкшта (или Кнюкштис) дали человеку с круглыми глазами, привычкой сидеть нахохлившись или, возможно, с ночным образом жизни. В литовской антропонимии прозвища от названий птиц — обычное дело: они не обязательно указывали на внешность, могли отражать характер («угрюмый, как сыч») или поведение.

Географически фамилия тяготеет к северо-восточной Литве и прилегающим районам Латвии (Жемайтия, Аукштайтия). В России она встречается единично, в основном у потомков литовцев, переселившихся в Сибирь или на Дальний Восток в конце XIX — начале XX века. Встречаются варианты написания с одной «к» — Нюкштайте, но это скорее искажение при записи в советских паспортах.

Интересная деталь: в литовских метриках XVIII–XIX веков фамилия могла записываться по-польски (Knukstaitė) или по-немецки (Knukstait), что отражает историю региона, где литовские крестьяне получали документы на чужом языке. Сегодня Кнюкштайте — это почти всегда указание на то, что перед вами женщина из литовского рода, сохранившего девичью форму фамилии, что само по себе редкость в русскоязычной среде.