Фамилия Кобера — редкий случай в русском ономастиконе. Её происхождение и география бытования сразу заставляют отойти от привычных моделей, поскольку она не вписывается в стандартные схемы с суффиксами -ов, -ин или -ский.

Скорее всего, перед нами фамилия украинского или белорусского происхождения, застывшая в форме именительного падежа единственного числа. В русской традиции фамилии редко оканчиваются на -а без суффикса принадлежности, а в украинской и белорусской — это норма: Шевченко, Гмыря, Кобера. Основа — слово «кобер» или «кобера», которое в диалектах восточнославянских языков имело несколько значений. В украинских говорах «кобер» — это ковёр (от тюркского «килим»), а в некоторых регионах — вид плетёной корзины или мешок для сена. В польском языке «kobierzec» тоже означает ковёр. Таким образом, прозвище Кобера могли дать либо ткачу, либо торговцу коврами, либо тому, кто плёл корзины.

Есть и другая, менее вероятная версия: от личного имени Кобер, которое могло быть краткой формой от славянского имени Коберша или Коберник. Но эта гипотеза слабая, так как в древнерусских памятниках такие имена почти не встречаются.

Географически фамилия Кобера чаще всего встречается в западных областях Украины (Львовская, Ивано-Франковская области) и в южных регионах Беларуси. В России она редка и, как правило, принадлежит потомкам переселенцев из этих земель. Этимология фамилии не связана с немецким или еврейским корнем — это чисто славянская модель, где прозвище перешло в фамилию без дополнительных суффиксов.