Фамилия Кобеева — женская форма фамилии Кобеев, и её разбор стоит начать с суффикса. Окончание -а указывает на принадлежность женщине (жена или дочь Кобеева). Сама же основа фамилии Кобеев образована по самой распространённой в русском языке модели — с помощью патронимического суффикса -ев. Этот суффикс присоединяли к основам, оканчивающимся на мягкий согласный или на -й. В данном случае основа — Кобей.

Ключ к пониманию фамилии лежит в имени Кобей. Это, скорее всего, тюркское имя, которое в разных языках (татарском, башкирском, казахском) может звучать как Кобей, Кубей, Кобе. Точное значение имени спорно, но наиболее вероятная версия связывает его с тюркским словом «коб» или «куб» — «много», «обильный». Имя Кобей в этом контексте могло означать «богатый», «обильный», «множественный» — то есть имя-пожелание достатка и благополучия ребёнку. Встречается и другая гипотеза: имя могло произойти от названия тюркского племени или рода (кобей, кобяк), но для рядового носителя фамилии более правдоподобна первая, «пожелательная» версия.

Таким образом, фамилия Кобеев (и, соответственно, Кобеева) — это классический патроним: «сын (или дочь) Кобея». Она указывает, что предок носителя фамилии по мужской линии носил имя Кобей. В русской среде такие фамилии закрепились в XVI–XVII веках, когда русские служилые люди и крестьяне активно осваивали земли Поволжья и Приуралья, вступая в контакты с тюркским населением. Именно в этих регионах (современные Татарстан, Башкортостан, Оренбургская область) фамилия Кобеева встречается чаще всего. Она не относится к дворянским — это фамилия крестьянского или мещанского сословия, типичный пример того, как личное имя перешло в наследственное родовое прозвание.