Фамилия Кобедина — одна из тех, где форма женского рода прочно закрепилась в обиходе, хотя по происхождению это типичная «семейная» фамилия, отвечающая на вопрос «чей?». Её основа — прозвище или мирское имя Кобеда, а суффикс -ин указывает на принадлежность: Кобедина — дочь или жена Кобеды.

Корень здесь — «кобед(а)». В русских говорах слово «кобеда» имело несколько значений, и все они связаны с характером или поведением человека. В северных и центральных областях «кобедой» называли неуживчивого, сварливого человека, склонного к спорам и капризам. В некоторых диалектах слово означало «назойливый попрошайка» или «тот, кто клянчит». Есть и более редкое значение — «колдун», «знахарь», но оно менее вероятно для фамилии. Таким образом, первый носитель прозвища Кобеда, скорее всего, был человеком с непростым нравом или, наоборот, навязчивым просителем.

Менее распространённая, но допустимая версия связывает фамилию с тюркскими корнями. В тюркских языках «кобе» или «кобек» могло означать «щенок», «детёныш», а в переносном смысле — «младший», «неопытный». Однако для фамилии Кобедина, распространённой в центральной России, славянская версия выглядит убедительнее: суффикс -ин характерен именно для русской модели образования от прозвищ на -а.

Географически фамилия встречается в основном в Поволжье и центральных регионах России, но не является массовой. Её редкость — дополнительный аргумент в пользу того, что прозвище Кобеда было не случайным, а ярким, запоминающимся. В отличие от фамилий от крестильных имён (Иванов, Петров), Кобедина сразу выдаёт прозвищную природу: предка назвали не по отцу, а по его собственной черте.

В написании фамилии возможна путаница с Кобединым — мужским вариантом. Но женская форма Кобедина исторически могла закрепиться за вдовой или дочерью, если в семье не осталось мужчин-носителей. В современном употреблении обе формы равноправны, и носительница фамилии может быть как женщиной, так и мужчиной (в редких случаях, если по документам зафиксирована женская форма как основная).