Фамилия Коберштейн — редкий пример немецко-еврейской фамилии, которая встречается в России и на постсоветском пространстве. Она составная: первая часть восходит к немецкому слову «Kober» (корзина, кузов), вторая — к «Stein» (камень). Буквально фамилию можно перевести как «каменная корзина» или «корзина из камня», но это не описательный, а топонимический след.

Скорее всего, Коберштейн — это фамилия, образованная от названия населённого пункта. В Германии и Австрии есть несколько мест с похожими названиями: деревня Коберштайн (Koberstein) в земле Рейнланд-Пфальц или хутора с таким именем в Баварии. Человек, переехавший оттуда, получал прозвище «Коберштайнский», которое со временем закрепилось как фамилия. Такой способ образования типичен для немецких фамилий на -stein (ср. Бернштейн, Розенштейн, Гольдштейн).

Вторая версия, менее вероятная, но возможная — искусственная фамилия, которую давали еврейским семьям в Австрийской империи или Пруссии в конце XVIII — начале XIX века, когда власти обязали евреев взять постоянные фамилии. Чиновник мог сложить два случайных слова, чтобы создать благозвучный вариант. В пользу этой гипотезы говорит то, что фамилия Коберштейн встречается у еврейских семей из Галиции и Буковины.

Суффикса, типичного для русских фамилий, здесь нет — окончание -штейн осталось неизменным при переходе в русский язык. В дореволюционных документах фамилию могли записывать через «е» (Коберштей́н) или с одним «т» (Кобершейн), но основная форма устоялась.

География носителей в Российской империи — западные губернии и Царство Польское, позже — эмиграция в США и Израиль. В советское время фамилия встречалась единично, преимущественно среди потомков немецких колонистов и еврейских ремесленников.