Фамилия Куберштейн — яркий пример немецкой или ашкеназской фамильной модели, которая строится по принципу «основа + топонимический суффикс». Вторая часть, «-штейн», происходит от немецкого Stein — «камень». В немецкой ономастике такие окончания (например, -берг, -таль, -дорф) часто указывают на место, откуда человек родом: буквально «камень» или «скала» могло быть частью названия города, замка или просто приметного места.

Первая часть, «Кубер», менее прозрачна. Самый вероятный путь — от немецкой фамилии или прозвища Kuber, которое восходит к средневерхненемецкому kuber — «корзина», «короб» или «мера сыпучих тел». В таком случае предок мог быть корзинщиком, торговцем, либо человеком, отвечавшим за меры и весы. Встречается и версия, что Kuber — вариант фамилии Kober, которая в некоторых диалектах означала «пригорок» или «бугор», что хорошо ложится в пару со «штейн»: «каменистый холм». Менее убедительно возводить «Кубер» к славянскому корню «куб» (как в слове «кубок»), так как типичная модель для славянских фамилий — суффиксы -ов, -ин, а не немецкое -штейн.

Вероятнее всего, фамилия сложилась в среде немецких колонистов или еврейских общин Восточной Европы, где немецкий язык был языком администрации и быта. В Российской империи такие фамилии нередко получали при переписях еврейского населения в конце XVIII — XIX веках, когда чиновники записывали прозвища или названия местечек в немецком оформлении. Географически Куберштейны встречаются в документах по Волынской и Подольской губерниям, а также в Прибалтике — регионах, где немецкое влияние было сильным.

В отличие от фамилий на -ов или -ин, Куберштейн не указывает на отчество или принадлежность к конкретному роду, а скорее фиксирует прозвище или место. Это типичная «искусственная» фамилия для эпохи, когда фамилии давали по профессии, внешности или ландшафту. В современной России фамилия редкая, и её носители — потомки тех, кто сохранил немецкую форму при переходе в русскую среду.