Фамилия Кобоняева — редкий случай, когда основа, скорее всего, не русская, а тюркская. Если отбросить типичный для русских фамилий суффикс принадлежности -ев (женская форма — -ева), остаётся корень Кобоняй. Это имя или прозвище, которое могло попасть в русскую среду из татарского, башкирского или другого тюркского языка.

Наиболее вероятная версия: Кобоняй — это искажённое тюркское имя Кобан (Кубан) с добавлением уменьшительного суффикса -ай. В тюркских языках «кобан» или «кубан» означает «бык», «буйвол» или «сильный, как бык». Имя Кобан (встречается у башкир, татар, ногайцев) давали мальчикам, желая им физической силы и выносливости. Суффикс -ай (как в именах Толмай, Мамай) делал имя ласкательным или просто бытовым. Получается: Кобоняй — «маленький бычок», «крепкий парень».

Менее убедительная версия выводит фамилию из прозвища Кобоня — от диалектного глагола «кобонить» (гнуть, мять, корёжить). Но у этого слова нет устойчивой формы на -яй, а в основе фамилии чётко слышится тюркский формант. Кроме того, фамилии на -яев (-яева) в центральной России и Поволжье часто имеют тюркские корни (сравните: Алфеев, Мамаев, Толмаев). Географически Кобоняевы могли жить в зоне русско-тюркского пограничья: в бывшем Казанском ханстве, на Урале или в Оренбуржье.

По суффиксу -ев фамилия оформилась уже в русской среде: от имени Кобоняй образовали отчество «Кобоняев сын», которое затем закрепилось как фамилия. Сословная принадлежность первых носителей неизвестна, но массового дворянства среди Кобоняевых не было — скорее всего, это крестьянская или мещанская фамилия, что типично для поздних (XVII–XIX века) фамилий из инородческого имени.

Подводя черту: фамилия Кобоняева означает «потомок Кобоняя», а сам Кобоняй — это прозвище сильного, крепкого человека, данное по тюркскому слову «бык». Фамилия редкая, но её анализ — хороший пример того, как в русской фамилии сохранилась память о степных соседях и их языке.