Фамилия Кобонина — женская форма фамилии Кобонин, и её происхождение напрямую связано с мужским прозвищем или именем Кобоня. Это редкий случай, когда основа не имеет очевидных параллелей в современном русском языке, что делает этимологию особенно интересной.

Корень «коб-» в русских говорах многозначен. В северных и сибирских диалектах «кобь» означало «ворожба, колдовство», а «кобник» — колдун или знахарь. Прозвище Кобоня могли дать человеку, который слыл ведуном, умел заговаривать болезни или предсказывать. Вторая версия отсылает к слову «кобеня» — так в некоторых областях называли мешковатую верхнюю одежду, балахон. В этом случае Кобоней прозвали того, кто носил такую одежду или шил её. Третий вариант — связь с глаголом «кобениться» (ломаться, упрямиться), что указывает на характер обладателя прозвища: капризного или неуступчивого человека.

Суффикс «-ин» в фамилии Кобонин стандартно указывает на принадлежность: «чей сын?» — Кобонин, то есть сын Кобони. Такая модель была типична для северных и центральных губерний России, где патронимы на -ин активно вытесняли другие формы. Встречаемость фамилии крайне низкая, что говорит о локальном происхождении, возможно, из одной конкретной местности или даже одного рода. Сравните с более известными однокоренными фамилиями Кобяков, Кобзев — они образованы от других основ, но разделяют диалектный корень «коб-».

Таким образом, предки носителей фамилии Кобонина могли быть либо людьми, связанными с народной магией и врачеванием, либо ремесленниками-портными, либо просто людьми с непростым нравом. Точное значение без записи в писцовых книгах установить сложно, но диалектная основа «коб-» надёжно привязывает фамилию к русскому Северу или Сибири.