Фамилия Кабонина, скорее всего, связана с морем. В её основе лежит слово «каболка» — так называют простую пеньковую нить, из которой вьют верёвки и канаты. Человека, работавшего с каболкой — возможно, матроса, корабельного такелажника или канатчика — могли прозвать Кабоном или Кабоней. От этого прозвища и пошла фамилия Кабонина. Судя по суффиксу -ин, она образована по модели, типичной для северных и центральных областей России: «чей?» — кабонин, то есть сын или потомок Кабона.

Есть и другая версия, но она менее правдоподобна. Согласно ей, в основе лежит слово «габион» — военный термин, обозначающий корзину без дна, которую насыпали землёй для защиты от пуль. Если принять эту версию, прозвище Габион мог получить военный, а фамилия со временем утратила начальное «г» и превратилась в Кабонину. Однако смена «г» на «к» в фамилиях встречается редко, и связь с каболкой выглядит куда естественнее, особенно если учесть, что в русских говорах слово «кабола» или «каболка» было широко распространено именно среди людей, связанных с речным и морским делом.