Фамилия Кабонин — одна из тех, что ставит исследователя перед выбором: притянуть к очевидному или копнуть глубже. На слух она кажется производной от слова «кабан», и в народной этимологии это первое, что приходит в голову. Однако при ближайшем рассмотрении версия с диким вепрем не выдерживает критики. В русской ономастике фамилии от названий животных образуются с суффиксом -ов/-ев (Кабанов) или -ин (Кабанин). Форма «Кабонин» с ударением на последний слог и суффиксом -ин при основе «кабон» — редкость. Если бы предка прозвали Кабаном, потомки стали бы Кабановыми. Значит, корень иной.

Гораздо убедительнее выглядит связь с диалектным словом «кабон» — так в некоторых южнорусских говорах называли капустный кочан или плотный, сбитый предмет. Прозвище Кабон могли дать человеку коренастому, круглому, плотно сбитому — по аналогии с кочаном. В этом случае фамилия Кабонин образована по стандартной патронимической модели: Кабон (прозвище отца) + -ин, то есть «сын Кабона». Такая словообразовательная цепочка для русских фамилий привычна: ср. Конон — Кононин, Савон — Савонин.

Есть и более редкая версия — от крестильного имени. В святцах встречается имя Канон (греч. «правило, норма»), которое в бытовой речи могло звучать как Кабон через ассимиляцию согласных. В этом случае фамилия Кабонин — искажённая форма от Канонин, где «н» перешло в «б» под влиянием простонародного произношения. Однако такая гипотеза спорна: переход «н» в «б» в русских фамилиях — явление нетипичное, и документальных подтверждений этому нет.

География фамилии узкая. Кабонины встречаются преимущественно в центральных и южных областях России, особенно в Воронежской и Ростовской областях. Это указывает на локальное происхождение: скорее всего, фамилия возникла в одном из сёл, где прозвище Кабон было в ходу, и не получила широкого распространения. В дворянских родословных книгах и ревизских сказках XVIII века фамилия не фиксируется — это говорит о крестьянском или мещанском корне.

Таким образом, наиболее правдоподобное объяснение: Кабонин — патроним от прозвища Кабон, данного по внешнему сходству с кочаном капусты. Версия с животным (кабан) ошибочна из-за несовпадения суффиксальной модели, а гипотеза с церковным именем Канон — умозрительна и слабо подтверждена. Фамилия редкая, и её носители, скорее всего, происходят из одной локальной группы.