Фамилия Кбонин — редкий случай в русской антропонимии, где написание резко расходится с ожидаемой фонетикой. С первого взгляда корень «Кбон» кажется иноязычным или искусственным, но на деле это, скорее всего, результат упрощения или искажения исходной формы. Самая вероятная версия: фамилия образована от прозвища или имени Кобон, а буква «б» в начале оказалась на месте «о» из-за диалектного произношения или ошибки переписчика. В говорах северных и сибирских областей слово «кобон» означало «коротышка», «небольшой предмет» или даже «затычка» (ср. «кобень» — узкий, скрюченный). Соответственно, прозвище Кобон могли дать человеку невысокого роста, плотного телосложения или с какой-то характерной особенностью осанки.

Модель образования здесь типичная для русских фамилий: суффикс -ин указывает на принадлежность — «чей?» — «сын Кобона». Такая форма чаще встречается в северорусских и сибирских регионах, где фамилии на -ин особенно распространены. Если бы основа звучала как «Кбон», то суффикс -ин был бы логичен при исходном имени Кбон, но такого антропонима в славянской традиции нет. Поэтому куда правдоподобнее, что перед нами описка или фонетическая запись: в документах XVII–XIX веков писцы нередко пропускали гласные, особенно в безударных позициях, и «Кобонин» мог превратиться в «Кбонин» при переписке. В пользу этого говорит и то, что однокоренные фамилии — Кобонев, Кобоньков, Кобонин — встречаются в архивных записях по Вологодской и Архангельской губерниям.

Географически фамилия Кбонин крайне редка. По данным современных телефонных справочников и баз ЗАГС, её носители единичны и сосредоточены в основном в Центральной России, что может указывать на миграцию из северных областей в XX веке. Второй, менее вероятный вариант — связь с тюркским корнем «кобан» (в значении «смелый», «ловкий»), но тогда фамилия писалась бы через «а» и имела бы суффикс -ов, а не -ин. Таким образом, этимология Кбонин упирается в русское диалектное слово «кобон» и искажение при записи. Никакой тайны знатного происхождения или экзотических корней здесь нет — перед нами обычная прозвищная фамилия, чья форма случайно стала необычной из-за исторической описки.