Фамилия Кобушкина — женская форма, а мужская, Кобушкин, образована с помощью типичного русского суффикса принадлежности -ин. Этот суффикс указывает на прямую связь с человеком по имени или прозвищу: «чей?» — Кобушкин, то есть сын или потомок Кобушки. Основа здесь — прозвище Кобушка.

Само слово «кобушка» в русских говорах имеет несколько значений, и ключ к фамилии лежит в диалектной лексике. В северных и сибирских говорах кобушкой называли деревянную чашку, ковш или долблёную посудину. Мастер, делавший такую утварь, или человек, любивший попить из большой кобушки, мог получить это прозвище. Реже встречается значение «кубышка» или «толстая, короткая вещь» — тогда прозвище могло относиться к приземистому, коренастому человеку. В ономастическом словаре Б. Унбегауна подобные фамилии от названий утвари (Ложкин, Ковшов, Чайников) выделены в отдельную группу, и Кобушкин вписывается в этот ряд.

Географически фамилия тяготеет к северу России и Поволжью. В переписных книгах XVII века встречаются крестьяне с прозвищем Кобушка в Вятском и Архангельском уездах. В XIX веке фамилия Кобушкины фиксируется в Вологодской, Костромской и Пермской губерниях. Это указывает на происхождение из среды государственных или монастырских крестьян, среди которых прозвища по бытовым предметам были распространены шире, чем у дворян.

Отдельного внимания заслуживает ударение. В большинстве случаев оно падает на второй слог — Кобу́шкин, что согласуется с произношением исходного слова «кобу́шка». Однако в некоторых регионах, под влиянием местных говоров, возможно ударение на первый слог — Ко́бушкин, что сближает фамилию с однокоренными Кобу́лин, Кобу́зов. В любом случае, в основе лежит не имя, а именно прозвище от предмета обихода.

Таким образом, предок носительницы фамилии Кобушкина — скорее всего, ремесленник-бондарь или просто человек с характерным прозвищем, живший на Русском Севере или в Заволжье. Фамилия редкая, не имеет отношения к татарским или тюркским корням, несмотря на созвучие с «кобурой» — это чисто славянское диалектное слово.