Фамилия Кобушкин — наглядный пример того, как в русской фамилии может сохраниться слово, почти исчезнувшее из живого языка. В основе лежит слово «кобушка». В диалектах, особенно южнорусских и украинских, так называли меру сыпучих тел, небольшую кадку или лукошко. В переносном смысле «кобушкой» могли прозвать невысокого, плотного человека — примерно как сейчас сказали бы «коротышка» или «пузан». Версия с прозвищем по внешности выглядит убедительнее: называть человека по объёму тары напрямую могли в насмешку, а вот ремесленника, делавшего такие кобушки, скорее прозвали бы Кобушник или Кобушечник, откуда пошла бы фамилия Кобушников. Суффикс -ин в фамилии Кобушкин указывает на принадлежность: «чей?» — «сын Кобушки». Модель типична для прозвищ на -а/-я: Кобушка → Кобушкин.

Встречается и другая гипотеза: связь с тюркским «кобуз» (музыкальный инструмент, варган) или с глаголом «кобениться» (ломаться, кривляться). Но эти версии менее вероятны. Слово «кобуз» дало бы скорее основу Кобуз- (Кобузов, Кобузин), а «кобениться» — производное от «кобень» (упрямец), что тоже не совпадает с «кобушкой» фонетически.

Фамилия редкая, её географическое ядро — центральные и южные области России, а также Украина. Встречается она и в старых списках донских казаков, что косвенно подтверждает диалектное происхождение: в казачьей среде прозвища по бытовым предметам и чертам внешности были обычным делом. Сословно Кобушкины, скорее всего, крестьянского или мещанского корня — в дворянские гербовники фамилия не попала.

Интересная деталь: ударение в фамилии плавающее. В большинстве говоров оно падает на второй слог — Кобу́шкин, но в некоторых регионах (особенно на юге) говорят Ко́бушкин, сохраняя ударение исходного прозвища. Такая двойственность — ещё один аргумент в пользу того, что фамилия народная, из живой речи, а не книжная или искусственная.