Фамилия Коджушко принадлежит к числу украинских фамилий, образованных с помощью патронимического суффикса -ко. В данном случае это уменьшительная форма от прозвища или имени Коджуш. Буквально Коджушко — «сын Коджуши» или «маленький Коджуш».

Основной пласт значений связан с диалектным словом «кодаш», которое В. И. Даль в «Толковом словаре живого великорусского языка» фиксирует в двух значениях: «товарищ» и «бочар, мастер по изготовлению бочек». Первое значение — социальное: прозвище Коджуш (через чередование д/дж) мог получить верный друг, надёжный товарищ. Второе — профессиональное: так могли назвать бондаря, человека, чьим ремеслом было производство бочек. Выбор между этими версиями зависит от местных говоров и конкретной семейной традиции.

Существует и тюркская версия. Слово «коджа» (от персидского khodchah — «старец») на Востоке было почётным титулом уважаемого купца, врача или учителя. Прозвище Коджуш могло указывать на возраст предка или его высокий социальный статус. Такая версия особенно правдоподобна для регионов, где русские и украинские фамилии формировались под влиянием тюркских языков.

Наконец, в основе может лежать персидское имя Ходжа, означающее «хозяин, господин», «обладающий большими знаниями, наставник». Украинский уменьшительный вариант Коджушко — естественная народная форма этого имени, которая со временем закрепилась как фамилия.

Фамилия Коджушко редкая, её географическое распространение узкое. Встречается преимущественно на западе Украины, что подтверждает её украинскую словообразовательную модель и возможную связь с тюркскими заимствованиями через посредничество польского или украинского языков.