Фамилия Коеналиев — один из тех случаев, где сразу заметна нерусская основа. Если разобрать её по составу, всё встаёт на свои места: корень — Коенал-, суффикс -ев (указывает на принадлежность, буквально «сын Коенала»). Ударение, скорее всего, падает на третий слог: Коена́лиев.

Главный вопрос — откуда взялось имя Коенал. Тут работает тюркская модель образования личных имён. Скорее всего, в основе лежит слово «койон» (заяц) в казахском или близких тюркских языках. Имя Коенал могло быть прозвищем: в кочевой культуре заяц ассоциировался с быстротой, ловкостью или, наоборот, с пугливостью. Иногда такие имена давали как оберег — чтобы злые духи не обратили внимания на ребёнка, названного в честь слабого зверька.

Вторая, менее вероятная версия — что Коенал восходит к арабскому имени через тюркское посредничество, но фонетически это натяжка. Никакого «Коен» в классических арабских именах нет.

Географически фамилия Коеналиев почти наверняка привязана к Казахстану или к регионам с компактным проживанием казахов (Оренбургская, Астраханская области России, запад Китая). В русской среде она не встречается — это характерный признак фамилий, образованных в XIX–XX веках от тюркских имён с помощью русского патронимического суффикса.

Сословная принадлежность предков неясна: в казахской среде фамилии в современном виде закрепились поздно, в советское время, поэтому Коеналиевы могли быть и скотоводами, и ремесленниками. Никаких дворянских корней здесь нет — фамилия сугубо народная.

Если искать родственные фамилии, то в том же ряду стоят Койналиев, Койнаков, Куандыков — все они держатся на тюркских личных именах с похожей звуковой тканью.