Фамилия Когуенко — редкий случай в украинской ономастике. Её сразу выдает суффикс -енко, типичный для восточной и центральной Украины (Полтавщина, Черкащина, Слобожанщина). Такие фамилии в XVI–XVIII веках обозначали «сына» или «потомка» человека, названного в основе. То есть Когуенко — это «сын Когуя» или «маленький Когуй».

Сложность в основе — «Когуй». Это не распространённое имя, не профессия и не географическое название. Скорее всего, перед нами прозвище. В украинских говорах слово «когуй» (или «коготь») могло быть связано с птицей — например, с кобчиком или другим мелким хищником. В диалектах западных областей «когуй» иногда означало «петух» (от «когут»). В любом случае, прозвище давали по внешности, повадкам или поведению: крикливый, задиристый, цепкий человек.

Есть и менее очевидная версия: фамилия могла возникнуть на стыке украинского и тюркского миров. В тюркских языках «когу» — «синий», «небесный», а «когуй» — возможное прозвище человека с серыми или голубыми глазами, что для степных народов было редкостью. Однако эта гипотеза слабее, так как фамилия имеет явно славянскую словообразовательную модель.

В отличие от массовых фамилий вроде Коваленко или Шевченко, Когуенко не встречается в больших концентрациях. Носители рассеяны по Украине, чаще всего в Харьковской, Полтавской и Черниговской областях. В XIX веке представители этой фамилии были преимущественно казацкого или крестьянского происхождения, без привязки к знатным родам. Учитывая редкость, можно предположить, что фамилия возникла от одного прозвища в конкретной местности и не дала множества ответвлений.

Итог прост: Когуенко — украинская фамилия, образованная по стандартной модели «прозвище + -енко». Основа «Когуй» указывает на яркую черту предка — скорее всего, птичью повадку или внешность.