Фамилия Кугуенко происходит от древнетюркского имени Кугуй. Оно образовано от слова «кугу», имеющего в чагатайском (староузбекском) языке значение «лебедь», при помощи уменьшительно-ласкательного аффикса -уй. В булгаро-татарском языке это имя имеет форму Кугеш, Кугуш; оно встречается также у марийцев. Имя Кугуй до сих пор довольно часто встречается у татар.