Фамилия Когыльничан звучит непривычно для русского уха, и это не случайно: она молдавского происхождения. Её основа — слово «когыльник» (в румынском варианте «cogâlnic»). Так в Молдавии и Румынии называют растение, которое в русском языке известно как кермек, или, в некоторых областях, «перекати-поле». Прозвище Когыльник могли дать человеку по внешнему сходству — например, за сутулость, сухощавость или за то, что он, как это растение, «кочует» с места на место. Возможна и связь с топонимом: река Когыльник (Кундук) протекает на юге Молдавии и в Одесской области Украины.

Суффикс «-ан» в румынской и молдавской ономастике — один из самых распространённых. Он указывает на принадлежность к роду, месту или профессии, аналогично русскому «-ов» и «-ин». В фамилии Когыльничан этот суффикс наслоился на уже готовое прозвище «Когыльник», причём с дополнительным элементом «-ич», который в славянских языках означает «сын такого-то». Получается двойная модель: «Когыльнич» (сын Когыльника) + «-ан» (происходящий от). Таким образом, Когыльничан — это «тот, кто из рода Когыльников», или «потомок человека по прозвищу Когыльник».

В XIX веке, когда молдавские и бессарабские крестьяне получали фамилии, такие образования были типичны. Носитель фамилии Когыльничан, скорее всего, происходил из сельской местности на территории исторической Бессарабии (ныне Молдавия и часть Одесской области). Встречается она и сейчас, но крайне редко — это не массовая фамилия, а скорее локальная, сохранившаяся в нескольких семьях.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Когыльничан стоит в одном ряду с более простыми Когыльник и Когыльниченко, но отличается именно суффиксальной конструкцией. В русских документах фамилию могли записывать на слух, поэтому варианты Когыльничян или Когыльничану (с типичным молдавским окончанием «-у») — не ошибка, а отражение живой речи.