Фамилия Коиссаров — редкий случай в русской ономастике, и её разбор требует осторожности. Первое, что бросается в глаза, — необычное сочетание «оисс» в корне. Скорее всего, перед нами не исконно русская фамилия, а результат адаптации иноязычной основы.

Вероятнее всего, Коиссаров — это русифицированная версия греческой или южнославянской фамилии. Исходная форма могла звучать как Койсаров или Койссаров, где корень восходит к греческому имени Коисс (Κόϊσσος) или к прозвищу от слова «койсос» (κώισσος) — так в некоторых диалектах называли горца или нелюдимого человека. Суффикс -ов указывает на русскую модель образования: «чей сын?» — Коиссаров, то есть потомок Коисса.

Вторая версия, менее вероятная, но имеющая право на существование, — связь с тюркскими языками. В османском и крымскотатарском «кой» (koy) — овца, а «сар» (sar) — дворец или стойло. Однако такое сложение дало бы форму Койсаров, а не Коиссаров, и вряд ли прижилось бы у русских. К тому же, ударение в русской фамилии падает на последний слог (Коиссаро́в), что типично для фамилий греческого происхождения, принятых в среде духовенства.

Интересная деталь: фамилия практически не встречается в центральных и северных губерниях России. Основные очаги — юг (Кубань, Ставрополье) и, возможно, Запорожье. Это косвенно подтверждает греческую версию: греческие переселенцы селились в Причерноморье и Приазовье. Сословно носители могли быть как священниками (греческие фамилии часто давали выпускникам духовных семинарий), так и простыми крестьянами-понтийцами. Однозначных данных о дворянском происхождении нет.

Таким образом, Коиссаров — фамилия с южными корнями, скорее всего, греческая по происхождению, означающая «сын Коисса» (горца или отшельника). В русском языке она сохранила редкое сочетание звуков, которое и отличает её от более привычных однокоренных вариантов вроде Койсаров или Койсаров.